Τα σημαντικότερα μνημεία και αρχιτεκτονικά σύνολα του αρχαιολογικού χώρου είναι:

Οι βασιλικοί τάφοι της Μεγάλης Τούμπας

Στην ομάδα περιλαμβάνονται τρεις Μακεδονικοί τάφοι και ένας κιβωτιόσχημος. Ανάμεσά τους συγκαταλέγεται ο τάφος του Φιλίππου Β'  και ένας άλλος που ανήκε πιθανότατα στον βασιλιά Αλέξανδρο Δ. Οι δύο αυτοί τάφοι βρέθηκαν ασύλητοι και κοσμούνται με λαμπρές τοιχογραφίες, έργα μεγάλων επώνυμων καλλιτεχνών.

Το Ανάκτορο

Σε μικρή απόσταση νοτιοανατολικά του χωριού της Βεργίνας ήταν χτισμένο το ανάκτορο της αρχαίας πρωτεύουσας σε ασφαλή θέση με υπέροχη θέα.  Πρόκειται για ένα οικοδόμημα που είχε μήκος 104,5 μέτρα και πλάτος 88,5 μέτρα και χρονολογείται στον 4ο αιώνα π.Χ. Το ανάκτορο οργανώνεται γύρω από μεγάλη περίστυλη αυλή και περιλαμβάνει ιερό (Θόλοι) αφιερωμένο στον Ηρακλή Πατρώο και πολυτελείς χώρους συμποσίων για τον βασιλιά και τους αξιωματούχους. Σε έναν από αυτούς σώζεται μωσαϊκό δάπεδο .

Το θέατρο

Πολύ κοντά στη βόρεια πλευρά του ανακτόρου και σε απόσταση μόλις 60 μέτρα, αποκαλύφθηκε το θέατρο της πόλης . Χρονολογείται και αυτό στον 4ο αιώνα π.Χ. και συνδεόταν στενά με το ανάκτορο, όπως φαίνεται και από τη θέση των δύο αυτών οικοδομημάτων.

Οι βασιλικοί τάφοι στα ΒΔ της πόλης. Στην ομάδα περιλαμβάνονται δύο μακεδονικοί τάφοι, ο λεγόμενος "τάφος του Ρωμαίου" ιωνικός, ναόσχημος των αρχών του 3ου αιώνα π.Χ., και ο "τάφος της Ευρυδίκης" , που πιθανότατα ανήκει στη μητέρα του Φιλίππου Β' και χρονολογείται γύρω στο 340 π.Χ. Επίσης, τρεις κιβωτιόσχημοι του 5ου και 4ου αιώνα π.Χ. και τέσσερις λακκοειδείς της υστεροαρχαϊκής εποχής.

Το νεκροταφείο των τύμβων. Πρόκειται για την επιβλητική νεκρόπολη της Εποχής του Σιδήρου (11ος-8ος αιώνας π.Χ.), που αποτελείται από περισσότερους από 300 χωμάτινους τύμβους οι οποίοι καλύπτουν συστάδες πλούσια κτερισμένων τάφων . Το νεκροταφείο των τύμβων της Βεργίνας απλώνεται στην περιοχή ανάμεσα στα χωριά Βεργίνα και Παλατίτσια. Πήρε την ονομασία του από τους μικρούς ή μεγαλύτερους τεχνητούς λόφους, τους τύμβους, ή αλλιώς τούμπες, που κάλυπταν τους τάφους. Η κατασκευή των τύμβων εξασφάλιζε μέχρις ενός σημείου από τους τυμβωρύχους τους τάφους που ήταν χτισμένοι στη βάση τους, καθώς δίπλα στον νεκρό οι συγγενείς του τοποθετούσαν και πολύτιμα κτερίσματα.

Το ιερό της Εύκλειας. Βρίσκεται στα βόρεια του Θεάτρου, μόλις 80 μέτρα μακρύτερα, και περιλαμβάνει δύο ναούς του 4ου και του 3ου αιώνα π.Χ., μνημειακό περιστύλιο και σειρά αναθημάτων, ανάμεσα στα οποία και δύο βάσεις από αναθήματα της βασίλισσας Ευρυδίκης, γιαγιάς του Μεγάλου Αλεξάνδρου. Από το ναό αυτό, που είχε διαστάσεις 8 x 5 μέτρα, σώζεται μόνο η θεμελίωση.

Η Ακρόπολη και το τείχος της πόλης. Βρίσκεται στα νότια του οικισμού σε έναν αρκετά απόκρημνο λόφο. Το τείχος εκτείνεται και προς τα ανατολικά της πόλης. Από την Ακρόπολη έχουν ανασκαφεί τμήματα του περιβόλου και του εσωτερικού (οικίες της ελληνιστικής εποχής). Η οχύρωση των Αιγών χρονολογείται στα πρώιμα ελληνιστικά χρόνια (τέλος 4ου αρχές 3ου αιώνα π.Χ.).

Η συστάδα των τάφων του τύμβου Μπέλλα. Αποτελείται από τρεις μακεδονικούς και έναν κιβωτιόσχημο τάφο, που χρονολογούνται στην ελληνιστική εποχή. Ο ένας από τους μακεδονικούς κοσμείται με ενδιαφέρουσα τοιχογραφία, ενώ ο άλλος περιέχει κομψή μαρμάρινη κλίνη.