Το Αυτοτελές Τμήμα Επιθεώρησης και Συντονισμού των Υπηρεσιών του Υ.Π.Α.ΑΝ. και των Εποπτευόμενων Φορέων υπάγεται απευθείας στο Γραφείο του Γενικού Γραμματέα είναι αρμόδιο για:

• Την παρακολούθηση της διεξαγωγής επιθεωρήσεων στις υπηρεσίες της Γενικής Γραμματείας σχετικά με την ορθή εκτέλεση καθηκόντων καθώς και για οικονομικά, διοικητικά και λειτουργικά θέματα εν γένει.
• Την παρακολούθηση της διεξαγωγής ελέγχων και ερευνών, για διοικητικά και οικονομικά θέματα, των εποπτευομένων από τη Γενκή Γραμματεία δημοσίων υπηρεσιών, νομικών προσώπων και οργανισμών.
• Την παρακολούθηση της διεξαγωγής ενόρκων διοικητικών εξετάσεων.
• Την τήρηση του αρχείου των ελέγχων, ερευνών και διοικητικών εξετάσεων.
• Την παροχή διευκολύνσεων στο συντονισμό, έλεγχο και εναρμόνιση της δράσης των εποπτευόμενων φορέων.
• Τα θέματα της υπηρεσιακής κατάστασης του προσωπικού των νομικών προσώπων και οργανισμών που εποπτεύονται από τη Γενκή Γραμματεία.
• Την παρακολούθηση, ενημέρωση και τήρηση αρχείου σχετικά με τη δραστηριότητα των εποπτευόμενων από τη Γενκή Γραμματεία Μακεδονίας Θράκης φορέων.