Το Τμήμα Ναυτιλίας:

• Σε συνεργασία με το καθ' ύλην Υπουργείο, είναι αρμόδιο για την ενεργοποίηση και εφαρμογή της κυβερνητικής ναυτιλιακής πολιτικής στη Μακεδονία και τη Θράκη.
• Σε συνεργασία με το Υπουργείο Εμπορικής Ναυτιλίας, ενισχύει τις δράσεις των περιφερειακών υπηρεσιών σε θέματα λιμενικής πολιτικής, θαλασσίων μεταφορών, ακτοπλοΐας, ασφάλειας ναυσιπλοΐας και προστασίας της ανθρώπινης ζωής στη θάλασσα, ασφάλειας σε πλοία και λιμένες, ελληνικού νηολογίου και ναυτικής εκπαίδευσης.
• Παρακολουθεί τις δράσεις και τα προγράμματα για την ανάπτυξη των λιμένων και λιμενικών οργανισμών της Βόρειας Ελλάδας. Προωθεί μέτρα και πολιτικές για την αναβάθμιση τους και την προώθηση και εκμετάλλευση των στρατηγικών πλεονεκτημάτων τους.
• Σε συνεργασία με το Τμήμα Ευρωπαϊκών Υποθέσεων του Υπουργείου, μελετά τη δυνατότητα αειφόρου οικονομικής ανάπτυξης στο πλαίσιο της ευρωπαϊκής ναυτιλίας.
• Ενημερώνει τους πολίτες για προγράμματα και πολιτικές του τομέα του σε εθνικό και ευρωπαϊκό επίπεδο.
• Προς εξυπηρέτηση των σκοπών του Τμήματος συνεργάζεται με τα συναρμόδια Υπουργεία, Οργανισμούς και υπηρεσίες των Περιφερειών της Μακεδονίας και της Θράκης, με σκοπό τον ενιαίο σχεδιασμό της πολιτικής και την ομοιόμορφη αντιμετώπιση των επί μέρους θεμάτων.