Το Τμήμα Aμυνας και Αιγαίου:

• Συνεργάζεται με τα αντίστοιχα καθ' ύλην Υπουργεία για τη δράση των αρμόδιων υπηρεσιών όσον αφορά την προστασία και ασφάλεια του Βορειοελλαδικού χώρου.
• Εντοπίζει, καταγράφει και εισηγείται τα αναγκαία θεσμικά μέτρα για την αντιμετώπιση και επίλυση των προβλημάτων που συνδέονται με το χώρο της Μακεδονίας -Θράκης με σκοπό την ασφάλεια της περιφέρειας.
• Συνεργάζεται με τις στρατιωτικές αρχές που εδρεύουν στο χώρο της Μακεδονίας - Θράκης και ενημερώνεται από αυτές για τις δραστηριότητες τους. Υποστηρίζει και βοηθά τις στρατιωτικές αρχές στα θέματα αρμοδιότητας του. Ερευνά και προτείνει δράσεις για την αντιμετώπιση καταστάσεων εκτάκτων αναγκών με τη συνεισφορά των Ενόπλων Δυνάμεων.
• Σε συνεργασία με το γραφείο ενημέρωσης κοινού Γ.Ε.ΕΘ.Α. στη Θεσσαλονίκη, συμβάλλει στη ν πληρέστερη ενημέρωση των πολιτών της Βόρειας Ελλάδας.
• Συνεργάζεται με το αντίστοιχο θεματικό Υπουργείο για την προώθηση θεμάτων που απασχολούν το νησιωτικό χώρο της Β. Ελλάδας. Μεταφέρει στο αντίστοιχο Υπουργείο προτάσεις για τη λύση των προβλημάτων που απασχολούν τους κατοίκους της.
• Σε συνεργασία με τα αρμόδια τμήματα του Υπουργείου και τα αντίστοιχα αρμόδια Υπουργεία, επιμελείται προγραμμάτων περιφερειακής ανάπτυξης των παράκτιων και νησιωτικών περιοχών της Μακεδονίας -Θράκης.