Σταθμό στην ιστορία της Θράκης αποτέλεσε η εξάπλωση του χριστιανισμού και η ίδρυση της Κωνσταντινούπολης, ως νέας πρωτεύουσας. Οι αυτοκράτορες γεμίζουν την περιοχή με φρούρια και επανοχυρώνουν τις πόλεις. Επανιδρύεται η Αναστασιούπολη. Οι βυζαντινές πόλεις είναι ιδρυμένες σε θέσεις παλαιών (´Αβδηρα - Πολύστηλο, Αναστασιούπολη - Περιθεώριο, Μαξιμιανούπολη - Μοσυνούπολη). Με την κατάληψη της Κωνσταντινούπολης από τους Φράγκους παρακμάζουν οι μεγάλες πόλεις και αναπτύσσονται μικρότερα κέντρα όπως τα Κουμουτζηνά, η Βήρα, το Διδυμότειχο. Κατά τον 14ο αι. ακμάζουν η Ξάνθεια και η Γρατσιανού. Σημαντικό μοναστηριακό συγκρότημα που ακμάζει από τον 11ο ως τον 14ο αι. είναι το Παπίκιον όρος.

Αξιόλογες θέσεις όπου σώζονται ή έχουν αποκαλυφθεί μνημεία παλαιοχριστιανικών και βυζαντινών χρόνων, κυρίως τμήματα της οχύρωσης, ναών και μονών είναι: η Τόπειρος, τα ´Αβδηρα-Πολύστυλο, οι Πόροι, η Αναστασιούπολη-Περιθεώριον, η βυζαντινή Μαρώνεια, η Μάκρη, η Ξάνθεια, η Γρατσιανού, η Πάτερμα Ροδόπης, το Παπίκιον όρος, η Μοσυνούπολις, η Τραϊανούπολη, οι Φέρες με τον ναό της Παναγίας Κοσμοσώτειρας, το Διδυμότειχο, το κέντρο της δυτικής όχθης του Έβρου και το κάστρο του Πυθίου.