Το Υπουργείο Μακεδονίας Θράκης έχει ένα ξεχωριστό ρόλο με περιεχόμενο και συμβολισμούς απολύτως αναγκαίους την περίοδο που διανύουμε. Αποτελεί ένα τμήμα της πολιτείας κοντά στην περιφέρεια. Γι' αυτό μπορεί να κατανοεί, να αφομοιώνει και να δίνει λύσεις, ιδιαίτερα σε περιφέρειες ευαίσθητες και χρόνια μακριά από το ενδιαφέρον της κεντρικής διοίκησης.

Η δύναμη του Υπουργείου Μακεδονίας Θράκης βρίσκεται στην έδρα του, στην καρδιά δηλαδή της περιφέρειας, και στην αμεσότητα των σχέσεων του με το σύνολο των νομών, αλλά και των πολιτών της Βόρειας Ελλάδας.

Το όπλο του είναι ο διάλογος, η διαμόρφωση κοινών, τεκμηριωμένων, ώριμων θέσεων και η αποφασιστική προώθηση τους προς τα κέντρα λήψης των αποφάσεων.

Στόχος του η ευημερία των βορειοελλαδιτών πολιτών και η ανάδειξη του μεθοριακού χώρου της Μακεδονίας και της Θράκης σε ισχυρό οικονομικό και εθνικό βραχίονα της χώρας και αναπτυξιακό πόλο της ευρύτερης περιοχής .

Αποστολή της διαδικτυακής πύλης του Υπουργείου Μακεδονίας Θράκης η ανάδειξη και αξιοποίηση της ως κόμβου ανάπτυξης, πληροφόρησης και ηλεκτρονικής διακυβέρνησης για τη Βόρεια Ελλάδα και τη Νοτιοανατολική Ευρώπη.