Το Υπουργείο Μακεδονίας-Θράκης αποτελεί το επιτελικό όργανο για την άσκηση, ενεργοποίηση και εναρμόνιση της κυβερνητικής πολιτικής στη Μακεδονία και τη Θράκη.
Με γνώμονα την καλύτερη εξυπηρέτηση του πολίτη της Βόρειας Ελλάδας, εξασφαλίζει την επικοινωνία του με την κεντρική διοίκηση, μέσω της λειτουργικής σύνδεσης και της οριζόντιας επικοινωνίας των υπηρεσιών του Υπουργείου με τις υπηρεσίες των Υπουργείων που ασκούν αντίστοιχες θεματικές αρμοδιότητες.
Κατά την άσκηση και εκτέλεση των νομοθετημένων αρμοδιοτήτων και συναρμοδιοτήτων του, συγκεντρώνει και επεξεργάζεται στοιχεία που αφορούν τις τοπικές κοινωνίες και λειτουργεί ως επιτελικός φορέας εκπόνησης, διαβούλευσης και διαμόρφωσης προτάσεων και πολιτικών, προκειμένου να εφαρμοστούν από τα αρμόδια Υπουργεία.
Συντονίζει, βοηθά, υποστηρίζει και καθοδηγεί τις δράσεις των περιφερειακών οργάνων και υπηρεσιών στη Βόρεια Ελλάδα.
Μεριμνά για την ισόρροπη ανάπτυξη των περιφερειών του χώρου ευθύνης του.
Καθιστά το χώρο της Μακεδονίας και Θράκης πρότυπο περιφερειακής ανάπτυξης και αναδεικνύει τον ιστορικό, πολιτικό, πολιτισμικό και οικονομικό ρόλο του στην ευρύτερη περιοχή.
Το Υπουργείο Μακεδονίας και Θράκης έχει ένα ξεχωριστό ρόλο με περιεχόμενο και συμβολισμούς απολύτως αναγκαίους την περίοδο που διανύουμε. Αποτελεί ένα τμήμα της πολιτείας κοντά στην περιφέρεια. Γι' αυτό μπορεί να κατανοεί, να αφομοιώνει και να δίνει λύσεις, ιδιαίτερα σε περιφέρειες ευαίσθητες και χρόνια μακριά από το ενδιαφέρον της κεντρικής διοίκησης.
Ο ρόλος του Υπουργείου είναι συντονιστικός και επιτελικός των πολιτικών που εφαρμόζονται από την Κυβέρνηση στη Βόρεια Ελλάδα.
Η δύναμή του βρίσκεται στην έδρα του, στην καρδιά δηλαδή της περιφέρειας, και στην αμεσότητα των σχέσεων του με το σύνολο των νομών, αλλά και των πολιτών της Βόρειας Ελλάδας.
Το όπλο του είναι ο διάλογος, η διαμόρφωση κοινών, τεκμηριωμένων, ώριμων θέσεων και η αποφασιστική προώθηση τους προς τα κέντρα λήψης των αποφάσεων.
Ο στόχος του είναι η ευημερία των βορειοελλαδιτών πολιτών και η ανάδειξη του μεθοριακού χώρου της Μακεδονίας και της Θράκης σε ισχυρό οικονομικό και εθνικό βραχίονα της χώρας.
Ο μεθοριακός χώρος, η Μακεδονία και η Θράκη, διαθέτει υγιές και ισχυρό παραγωγικό δυναμικό, έμπειρο επιστημονικό δυναμικό και εργαζόμενους με υψηλό αίσθημα ευθύνης. Διαθέτει πανεπιστήμια, εκπαιδευτικούς και κοινωνικούς φορείς που διακρίνονται για καινοτόμες επιλογές και πρωτοβουλίες, για διάθεση δουλειάς και υψηλές φιλοδοξίες.
Διαθέτει ένα γαλαξία πόλεων με κέντρο τη Θεσσαλονίκη αλλά και πολλούς άλλους οικονομικούς, κοινωνικούς και πολιτιστικούς πόλους όπως είναι οι έδρες των άλλων περιφερειών, η Κομοτηνή και η Κοζάνη, και οι πρωτεύουσες των νομών.
Τα τελευταία χρόνια υλοποιείται ένα πρωτόγνωρο για την περιοχή πρόγραμμα μεγάλων αναπτυξιακών υποδομών (οδικές αρτηρίες, λιμάνια, δίκτυα φυσικού αερίου και τηλεπικοινωνιών). Η ανάπτυξη όμως της Μακεδονίας και της Θράκης βρίσκεται μακράν των δυνατοτήτων που έχει τόσο η περιοχή όσο και οι παραγωγικές της δυνάμεις.
Πρέπει λοιπόν να αξιοποιήσουμε όλα τα πλεονεκτήματα και τις δυνατότητες της περιοχής, να καλύψουμε χρόνιες υστερήσεις, να κερδίσουμε νέες ευκαιρίες. Εργαζόμαστε με όλες μας τις δυνάμεις για να κάνουμε τις περιφέρειες μας πρότυπο οικονομικής και κοινωνικής δραστηριότητας, πεδίο ανάπτυξης πολύπλευρης συνεργασίας στη Βαλκανική και την ευρύτερη περιοχή, χώρο ευημερίας πολιτών τους.