Η διαχειριστική αρχή κάθε επιχειρησιακού προγράμματος είναι αρμόδια να εξασφαλίσει την αποτελεσματικότητα και την κανονικότητα της διαχείρισης και της εφαρμογής του. Στο πλαίσιο αυτό:

α) εφαρμόζει το συμπλήρωμα προγραμματισμού

β) εισηγείται στον Ειδικό ή Γενικό Γραμματέα Υπουργείου ή Περιφέρειας την ένταξη των πράξεων στα μέτρα του οικείου επιχειρησιακού προγράμματος

γ) διασφαλίζει τη συμβατότητα των πράξεων που εντάσσονται στο επιχειρησιακό πρόγραμμα προς το εθνικό και το κοινοτικό δίκαιο, καθώς και τις εθνικές και κοινοτικές πολιτικές και ιδίως όσον αφορά τις διατάξεις για τον ανταγωνισμό, τις δημόσιες συμβάσεις, την προστασία του περιβάλλοντος, την εξάλειψη των ανισοτήτων και την προώθηση της ισότητας μεταξύ ανδρών και γυναικών. Για το σκοπό αυτόν παρέχει κάθε δυνατή υποστήριξη στους τελικούς δικαιούχους σε συνεργασία με τους αρμόδιους δημοσίους φορείς, προκειμένου αυτοί να ανταποκριθούν στις υποχρεώσεις τους

δ) παρακολουθεί την πορεία εφαρμογής του επιχειρησιακού προγράμματος και συντάσσει προτάσεις για αναθεώρησή του, τις οποίες υποβάλλει στην επιτροπή παρακολούθησης του επιχειρησιακού προγράμματος

ε) συλλέγει τα κατάλληλα οικονομικά και στατιστικά δεδομένα και τα εισάγει στο Ο.Π.Σ.

στ) συντάσσει τις προτάσεις προσαρμογής του συμπληρώματος προγραμματισμού, τις οποίες υποβάλλει στην επιτροπή παρακολούθησης του επιχειρησιακού προγράμματος

ζ) συντάσσει τις ετήσιες εκθέσεις εκτέλεσης και την τελική έκθεση του επιχειρησιακού προγράμματος και τις υποβάλλει στην επιτροπή παρακολούθησης αυτού και στη διαχειριστική αρχή του Κ.Π.Σ.

η) οργανώνει και παρακολουθεί την ενδιάμεση αξιολόγηση του επιχειρησιακού προγράμματος σε συνεργασία με τη διαχειριστική αρχή του Κ.Π.Σ. και επεξεργάζεται προτάσεις για την κατάλληλη αξιοποίηση των συμπερασμάτων της

θ) παρακολουθεί την τήρηση αυτοτελούς λογιστικής μερίδας για κάθε πράξη από τους τελικούς δικαιούχους.

ι) συνεργάζεται με τη διαχειριστική αρχή του Κ.Π.Σ., την επιτροπή παρακολούθησης του επιχειρησιακού προγράμματος και την Επιτροπή και παρέχει σε αυτές κάθε πληροφορία που ζητείται

ια) διενεργεί τους ελέγχους που προβλέπονται στο άρθρο 6, προβαίνει στις απαραίτητες ενέργειες με βάση τα πορίσματα τους, ενημερώνει την Επιτροπή, την αρχή πληρωμής και την επιτροπή δημοσιονομικού ελέγχου του Υπουργείου Οικονομικών και λαμβάνει τα απαραίτητα μέτρα συμμόρφωσης μετά από σχετικές συστάσεις των ανωτέρων αρχών

ιβ) εφαρμόζει τις δράσεις δημοσιότητας του επιχειρησιακού προγράμματος σε συνεργασία με τη διαχειριστική αρχή του Κ.Π.Σ., την επιτροπή παρακολούθησης του επιχειρησιακού προγράμματος και την Επιτροπή. Παρακολουθεί την τήρηση των υποχρεώσεων των τελικών δικαιούχων σχετικώς με τη δημοσιότητα και την παροχή πληροφόρησης για τις πράξεις που εκτελούν και

ιγ) παρέχει γραμματειακή υποστήριξη στην επιτροπή παρακολούθησης του επιχειρησιακού προγράμματος.